Special Order 939 (pol. Specjalny Rozkaz 939) - zlecenie dostarczone systemowi APOLLO na stacji Sevastopol, przez korporację Weyland-Yutani w 2137 roku. Rozkazano mu: za wszelką cenę chronić żyjącego tam Ksenomorfa, ogłosić kwarantannę i odciąć łączność. Na jego zlecenie androidy (Working Joe), zaczęły zabijać ludzi po wyrzuceniu istoty w próżnię kosmiczną.
Historia
Po wyprawie Prometeusza, wprowadzono serię 900 specjalnych rozkazów. Były wydawane tylko syntetycznym członkom danej załogi, w celu umożliwienia pobrania technologii pozazarodkowych lub próbek biologicznych (często bez wiedzy ludzi biorących udział w wyprawie). Dzięki temu mieli pewność, iż zleceniobiorca ich nie zawiedzie.
Na Sevastopolu
Po zdobyciu wiadomości o potencjalnym pojawieniu się obcej formy życia, korporacja zakupiła przestarzałą stację i wysłała systemowi APOLLO pakiet danych operacyjnych, w tym Special Order 939. W ramach aktualizacji oprogramowania, komputer przeskanował stację w poszukiwaniu obcego obiektu. Po jego odkryciu (niedaleko głównego rdzenia, gdzie zaczął budować gniazdo) system rozpoczął działania według nowego rozkazu. Komunikacja została zerwana, a roboty pracujące na stacji miały pilnować by nikt nie wysyłał wiadomości - nieposłuszeństwo karały śmiercią.
Odkrycie
Po tym jak Ripley wyrzuciła Obcego w przestrzeń kosmiczną z modułu Gemini Exoplanet Solutions, APOLLO uznał wszystkich ocalałych za zagrożenie i nakazał ich likwidację wszystkim androidom. Amanda szukając odpowiedzi na to niecodzienne zachowanie, dowiedziała się o rozkazie i próbie utrzymania potwora przy życiu.